Alix Watson heeft één ding geleerd van haar jeugd in pleeggezinnen: boeken stellen je nooit teleur. Terwijl ze drie uitzichtloze baantjes combineert en weet dat de universiteit voor haar onbereikbaar is, zoekt ze in de avonden haar toevlucht in de Boston Public Library, waar ze wegdroomt in haar favoriete fantasyboeken. Maar op een avond stuit ze op een verborgen deur en ontmoet de Bibliothecaris: de onsterfelijke, cynische bewaker van een geheime bibliotheek waar verdwaalde zielen kunnen ontsnappen in hun lievelingsboeken.
De Bibliothecaris neemt haar onder zijn hoede. Maar er blijkt gevaar op de loer te liggen. Een duistere vijand bedreigt de Bibliotheek, en Alix en de Bibliothecaris moeten door klassieke verhalen reizen om die te stoppen.