Linus Baker leidt een rustig, afgezonderd leven en is maatschappelijk werker bij het Ministerie van Toezicht Magische Jongeren. Hij krijgt de bijzondere opdracht te onderzoeken of zes magisch begaafde, maar risicovolle jongeren, die in een weeshuis op een klein eiland wonen, mogelijk een te groot gevaar voor de samenleving opleveren.
In het weeshuis wonen zes jongeren; een merkwaardig, bont gezelschap dat bestaat uit Talia (een meisjeskabouter), Theodore (een gevleugeld draakje), Phee (een boself), Chauncey (een groen, kwalachtig wezen), Sal (een jongen die een miraculeuze verandering ondergaat wanneer hij bang is) en Lucy (een zesjarige antichrist).
Arthur Parnassus is er de directeur en hij wil te vuur en te zwaard sluiting voorkomen – ook al zal hij dan zijn eigen geheim moeten prijsgeven. Linus gaat een maand op het eiland wonen. Wanneer hij gaandeweg zijn vooroordelen laat varen en niet alleen een band opbouwt met de jongeren, maar ook met Arthur, komt hij voor een dilemma te staan: moet hij de ambtelijke regels of zijn hart volgen?